### R code from vignette source 'msm-manual.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: msm-manual.Rnw:41-43 ################################################### version <- gsub("Version: +", "", packageDescription("msm", lib.loc=c("../..",.libPaths()))$Version) ################################################### ### code chunk number 2: msm-manual.Rnw:48-49 ################################################### cat(version) ################################################### ### code chunk number 3: msm-manual.Rnw:52-53 ################################################### cat(format(Sys.time(), "%d %B, %Y")) ################################################### ### code chunk number 4: msm-manual.Rnw:861-862 ################################################### options(width = 60) ################################################### ### code chunk number 5: msm-manual.Rnw:897-898 ################################################### library(msm) ################################################### ### code chunk number 6: msm-manual.Rnw:957-958 ################################################### cav[1:21,] ################################################### ### code chunk number 7: msm-manual.Rnw:968-969 ################################################### statetable.msm(state, PTNUM, data=cav) ################################################### ### code chunk number 8: msm-manual.Rnw:1020-1024 ################################################### Q <- rbind ( c(0, 0.25, 0, 0.25), c(0.166, 0, 0.166, 0.166), c(0, 0.25, 0, 0.25), c(0, 0, 0, 0) ) ################################################### ### code chunk number 9: msm-manual.Rnw:1058-1060 ################################################### Q.crude <- crudeinits.msm(state ~ years, PTNUM, data=cav, qmatrix=Q) ################################################### ### code chunk number 10: msm-manual.Rnw:1084-1086 ################################################### cav.msm <- msm( state ~ years, subject=PTNUM, data = cav, qmatrix = Q, deathexact = 4) ################################################### ### code chunk number 11: msm-manual.Rnw:1114-1115 (eval = FALSE) ################################################### ## help(optim) ################################################### ### code chunk number 12: msm-manual.Rnw:1138-1139 ################################################### cav.msm ################################################### ### code chunk number 13: msm-manual.Rnw:1178-1180 ################################################### cavsex.msm <- msm( state ~ years, subject=PTNUM, data = cav, qmatrix = Q, deathexact = 4, covariates = ~ sex) ################################################### ### code chunk number 14: msm-manual.Rnw:1188-1189 ################################################### cavsex.msm ################################################### ### code chunk number 15: msm-manual.Rnw:1205-1207 ################################################### qmatrix.msm(cavsex.msm, covariates=list(sex=0)) # Male qmatrix.msm(cavsex.msm, covariates=list(sex=1)) # Female ################################################### ### code chunk number 16: msm-manual.Rnw:1219-1222 (eval = FALSE) ################################################### ## cavsex.msm <- msm( state ~ years, subject=PTNUM, data = cav, ## qmatrix = Q, deathexact = 4, ## covariates = list("1-2" = ~ sex, "1-4" = ~sex) ) ################################################### ### code chunk number 17: msm-manual.Rnw:1233-1237 (eval = FALSE) ################################################### ## cav3.msm <- msm( state ~ years, subject=PTNUM, data = cav, ## qmatrix = Q, deathexact = 4, ## covariates = ~ sex, ## constraint = list(sex=c(1,2,3,1,2,3,2)) ) ################################################### ### code chunk number 18: msm-manual.Rnw:1273-1277 (eval = FALSE) ################################################### ## cav4.msm <- msm( state ~ years, subject=PTNUM, data = cav, ## qmatrix = Q, deathexact = 4, ## control = list(trace=2, REPORT=1), ## fixedpars = c(6, 7) ) ################################################### ### code chunk number 19: msm-manual.Rnw:1316-1317 ################################################### pmatrix.msm(cav.msm, t=10) ################################################### ### code chunk number 20: msm-manual.Rnw:1346-1347 ################################################### sojourn.msm(cav.msm) ################################################### ### code chunk number 21: msm-manual.Rnw:1359-1360 ################################################### pnext.msm(cav.msm) ################################################### ### code chunk number 22: msm-manual.Rnw:1385-1386 ################################################### totlos.msm(cav.msm) ################################################### ### code chunk number 23: msm-manual.Rnw:1408-1409 ################################################### qratio.msm(cav.msm, ind1=c(2,1), ind2=c(1,2)) ################################################### ### code chunk number 24: msm-manual.Rnw:1417-1418 ################################################### hazard.msm(cavsex.msm) ################################################### ### code chunk number 25: msm-manual.Rnw:1427-1428 (eval = FALSE) ################################################### ## qmatrix.msm(cav.msm) ################################################### ### code chunk number 26: msm-manual.Rnw:1438-1439 (eval = FALSE) ################################################### ## qmatrix.msm(cavsex.msm, covariates = 0) ################################################### ### code chunk number 27: msm-manual.Rnw:1444-1445 (eval = FALSE) ################################################### ## qmatrix.msm(cavsex.msm, covariates = list(sex = 1)) ################################################### ### code chunk number 28: msm-manual.Rnw:1471-1472 ################################################### plot(cav.msm, legend.pos=c(8, 1)) ################################################### ### code chunk number 29: msm-manual.Rnw:1714-1716 ################################################### options(digits=3) prevalence.msm(cav.msm, times=seq(0,20,2)) ################################################### ### code chunk number 30: msm-manual.Rnw:1718-1719 ################################################### plot.prevalence.msm(cav.msm, mintime=0, maxtime=20) ################################################### ### code chunk number 31: msm-manual.Rnw:1854-1857 ################################################### options(digits=2) pearson.msm(cav.msm, timegroups=2, transitions=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,9,9,10)) ################################################### ### code chunk number 32: msm-manual.Rnw:1982-1994 ################################################### Qm <- rbind(c(0, 0.148, 0, 0.0171), c(0, 0, 0.202, 0.081), c(0, 0, 0, 0.126), c(0, 0, 0, 0)) ematrix <- rbind(c(0, 0.1, 0, 0), c(0.1, 0, 0.1, 0), c(0, 0.1, 0, 0), c(0, 0, 0, 0)) cavmisc.msm <- msm(state ~ years, subject = PTNUM, data = cav, qmatrix = Qm, ematrix = ematrix, deathexact = 4, obstrue = firstobs) cavmisc.msm ################################################### ### code chunk number 33: msm-manual.Rnw:2022-2026 ################################################### cavmiscsex.msm <- msm(state ~ years, subject = PTNUM, data = cav, qmatrix = Qm, ematrix = ematrix, deathexact = 4, misccovariates = ~sex, obstrue=firstobs) ################################################### ### code chunk number 34: msm-manual.Rnw:2028-2029 ################################################### cavmiscsex.msm ################################################### ### code chunk number 35: msm-manual.Rnw:2049-2051 ################################################### ematrix.msm(cavmiscsex.msm, covariates=list(sex=0)) ematrix.msm(cavmiscsex.msm, covariates=list(sex=1)) ################################################### ### code chunk number 36: msm-manual.Rnw:2098-2100 ################################################### pearson.msm(cavmisc.msm, timegroups=2, transitions=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,9,9,10)) ################################################### ### code chunk number 37: msm-manual.Rnw:2147-2149 ################################################### vit <- viterbi.msm(cavmisc.msm) vit[vit$subject==100103,] ################################################### ### code chunk number 38: msm-manual.Rnw:2349-2350 ################################################### three.q <- rbind(c(0, exp(-6), exp(-9)), c(0, 0, exp(-6)), c(0, 0, 0)) ################################################### ### code chunk number 39: msm-manual.Rnw:2368-2380 ################################################### hmodel1 <- list(hmmNorm(mean=100, sd=16), hmmNorm(mean=54, sd=18), hmmIdent(999)) fev1.msm <- msm(fev ~ days, subject=ptnum, data=fev, qmatrix=three.q, deathexact=3, hmodel=hmodel1, hcovariates=list(~acute, ~acute, NULL), hcovinits = list(-8, -8, NULL), hconstraint = list(acute = c(1,1))) fev1.msm sojourn.msm(fev1.msm) ################################################### ### code chunk number 40: msm-manual.Rnw:2660-2661 (eval = FALSE) ################################################### ## help(msm) ################################################### ### code chunk number 41: msm-manual.Rnw:2669-2670 (eval = FALSE) ################################################### ## help.start()