Linux hace su aparición a principios de la década de los noventa, era el año 1991 y por aquel entonces un estudiante de informática de la Universidad de Helsinki (Finlandia), llamado Linus Torvalds empezó a programar para su tesis final un núcleo para sistema operativo.
Este comienzo estuvo inspirado en Minix, un pequeño sistema Unix desarrollado por el profesor Andrew Tanenbaum. Las primeras discusiones sobre Linux fueron en el grupo de noticias comp.os.minix, en estas discusiones se hablaba sobre todo del desarrollo de un pequeño sistema Unix para usuarios de Minix que querían más.
Linus nunca anunció la versión 0.01 de «Linux» (agosto 1991) porque no era ni siquiera ejecutable, solamente incluía los principios del núcleo; estaba escrito en lenguaje ensamblador y asumía que el usuario tenía acceso a un sistema Minix para su compilación.
El 5 de octubre de 1991, Linus anunció la primera versión «Oficial» de Linux (versión 0.02). Esta vez, Linus pudo ejecutar Bash (GNU Bourne Again Shell) y gcc (El compilador GNU de C), pero no mucho más funcionaba. En este estado de desarrollo ni siquiera se pensaba en términos de soporte, documentación, e incluso distribución. Después de la versión 0.03, Linus saltó en la numeración hasta la 0.10. Desde entonces, más y más programadores a través de Internet empezaron a trabajar en el proyecto y, después de sucesivas revisiones, Linus incrementó el número de versión hasta la 0.95 en Marzo de 1992.
Más de un año después, en Diciembre de 1993, el núcleo del sistema estaba en la versión 0.99 y la versión 1.0 no llegó hasta el 14 de marzo de 1994.
Una vez que el núcleo estuvo «usable», los programadores comenzaron a buscar aplicaciones y utilidades para agregar y hacer el sistema más útil, ese es el momento en que entra el proyecto GNU, iniciado en 1984 por la Free Software Foundation (FSF), entidad creada por Richard M. Stallman (o simplemente RMS), con el fin de hacer un sistema operativo libre. Dado que existía ya mucho software en el proyecto GNU, los programadores comenzaron a unir el núcleo Linux con dichas herramientas GNU, conformando lo que hoy conocemos como sistema GNU/Linux (o simplemente Linux, como se suele llamar equivocadamente).
La versión actual del núcleo es la 2.41.1 y sigue avanzando día a día con la meta de perfeccionar y mejorar el sistema.